Tuberculosis: métodos diagnósticos moleculares

Introducción:

El siguiente trabajo consta de una monografía de revisión narrativa de las técnicas moleculares actualmente utilizadas en el diagnóstico molecular de la tuberculosis pulmonar, mediante un abordaje clínico, comenzando con la presentación de un caso clínico de la Unidad de VIH del Hospital Civil Fray Antonio Alcalde y con una breve explicación del contexto actual en epidemiología a nivel mundial mediante los reportes de la Organización Mundial de la Salud del 2018 y a nivel nacional y local mediante la información proporcionada por el boletín epidemiológico de México del Sistema Nacional de Vigilancia Epidemiológica, su interpretación y la importancia dentro de la historia natural de la enfermedad, además de una explicación rápida de las peculiaridades de la enfermedad en diversas poblaciones como parte del análisis del caso clínico, finalizando con la descripción de las técnicas moleculares actuales, sus usos, la evidencia acumulada acerca de sus ventajas, desventajas y limitaciones en el contexto clínico.

Caso clínico:

Masculino de 34 años de edad originario y habitante de Guadalajara, desempleado y soltero ingresa al servicio de unidad de VIH del Hospital Civil Fray Antonio alcalde con los siguientes diagnósticos:

1.- infección por VIH/SIDA con categoría clínica C2

2.- tuberculosis pulmonar

3.- lesión renal aguda AKIN II

4.- hiponatremia

5.- Leucocitosis

6.- neutrofilia

7.- Anemia Normocítica-Normocrómica

8.- Hipoalbuminemia

9.-Neumonía Adquirida en la Comunidad

Interrogatorio directo. El paciente refiere que hace aproximadamente una semana comienza con fiebre no cuantificada, tos productiva y en una ocasión hemoptoica, además de disnea y debilidad progresiva y de pérdida de peso referida por el paciente de más de 8 kilogramos en un año; debido a que los síntomas no mejoran hace 3 días decidió acudir al servicio de urgencias del Hospital Civil Fray Antonio Alcalde, sin embargo nunca de se le brindó la atención por lo cual regresa a su casa y el día de hoy acude a consulta externa pensando que tenía cita, comenta que hasta el día de ayer estaba tomando sus medicamentos, pero al sentirse peor, su madre decida traerlo a nuestro servicio de triage donde se decide su ingreso hospitalario.

Antecedentes heredofamiliares abuelos maternos y paternos finados, desconoce causas madre viva con diabetes mellitus, padre no lo conoció, 2 hermanos sanos, hija de 4 años VIH negativa.

Antecedentes personales no patológicos: Vivienda suburbana con todos los servicios básicos prueba de combe positiva en la cárcel, zonosis negativa, encarcelamiento por 8 años por robo; inmunizaciones desconocidas porque se crió con su abuela y ya fallecido hace 2 años. Tabaquismo negativo, alcoholismo positivo que inicia el consumo a la edad de 15 años a razón de un litro de tonayán todos los días, suspendido hace una semana, toxicomanías positivas a cocaína desde los 15 años consumiendo dos o tres dosis cada semana, suspendido hace años, pero no sabe especificar, cristal inició su consumo hace un mes y su último consumo fue hace una semana.

Antecedentes personales patológicos

Tuberculosis pulmonar en el 2012, traumatismo craneoencefálico moderado Becker II con crisis convulsivas en 2013, transfusiones positivas de un paquete globular en su hospitalización del 2012, cirugía en 1995 por atropellamiento le colocaron clavos en pie izquierdo.

Interrogatorio por aparatos y sistemas se presenta con fiebre debilidad de 2 semanas de evolución pérdida de peso de más de 8 kilogramos un año disminución de la agudeza auditiva de manera producto ante tos productiva de color verdoso y disnea, diarrea intermitente sin moco ni sangre, su última ocasión ayer por la noche dolor en el flanco derecho y cefalea de una semana solución si fotofobia.

Paciente consciente, cooperador, orientado con regular estado de hidratación y coloración, cráneo sin alteraciones, isocoria, pupilas normoreflécticas, conducto auditivo derecho con presencia de cerumen membrana timpánica sin alteraciones, conducto auditivo izquierdo con presencia de cerumen y datos de sangrado fresco en cuadrante inferior izquierdo de la membrana timpánica, no se presencia perforación, narinas permeables, cavidad oral con mala higiene presencia de varias caries y datos de periodontitis, no se observa cándida, cuello móvil con adenopatía cervical posterior derecha de 6 milímetros y otra más de 4 milímetros en cadena cervical anterior izquierda, tórax con dificultad para la amplexión y la amplexación con dolor a la inspiración profunda de lado derecho, Campos pulmonares con presencia decrépitos finos en ambas bases de predominio derecho, precordio rítmico concordante con pulso distal, no soplos ni ruidos agregados, abdomen globoso a expensas de panículo, euperistáltico, doloroso a la palpación profunda en cuadrante superior derecho, no se palpan masas, borde hepático 1.5 cm del Reborde costal, genitales de acuerdo a la edad y sexo sin alteraciones aparentes, extremidades integras ligeramente hipotróficas, presencia tatuaje en extremidad derecha a nivel de tobillo, hipertérmicas, no edema, pulsos presentes con llenado capilar 2 segundos.

Evaluación de nutrición tenemos a un paciente que se encuentra estable sin alteraciones gastrointestinales el cual refiere haber perdido peso durante un mes no sabe la cantidad, pero aproximadamente más de 15 kg. No presenta náuseas vómitos ni diarrea.

Bioquímicamente Presenta una proteína C reactiva de 184.7, colesterol total de 94 albúmina de 2.4, deshidrogenasa láctica de 136, glucosa de 63, urea de 147, creatinina de 4.16, fósforo de 5.9, calcio de 8.3, cloro 107, potasio 5.77, sodio 132.

Con un diagnostico nutricio de desnutrición severa relacionada enfermedad aguda e ingesta insuficiente de energía evidenciado por un IMC de 19.30 kg/m2 y un cambio de peso de 16.76% paciente se queda con dieta completa de doble ración.

ANÁLISIS DEL CASO POR PARTE DEL SERVICIO DE VIH

Paciente ya conocido desde 2012 con VIH por pareja seroconcordante, con antecedente de TB tratada, mala adherencia mala al tratamiento con una CV de 95200 CD4 107 al 8% (11/02/13) basal y última cv indetectectable, cd4 211 (25/10/18) Múltiples esquemas TARAA el último con DVR 600+RTV+Raltegravir+ABC SUSPENDIDO desde hace 15 días, el paciente tampoco acude de manera constante a sus consultas. El día de hoy acude al triage de nuestra unidad por unas semana de debilidad generalizada, disnea progresiva, tos productiva y fiebre no cuantificada de una semana de evolución además de pérdida de 8 kg. En un año aproximadamente en su abordaje principal a la exploración se encuentra febril (39.5) taquicárdico, polipnéico a la auscultación se evidencia crépitos finos basales en lado derecho, se solicita gasometría arterial con un pH de 7.37 pO2 23 HCl 13.3 Lac 1.7 con TA dentro de la normalidad se solicita Rx de tórax que demuestra infiltrado pulmonar basal derecho con tendencia a la consolidación además de un infiltrado intersticial en ambos hilios. Laboratoriales al ingreso Hb 8.78, Hto. 27.7 Leu 11.550, Neu 8760, linf 1600, plaquetas 468,909, BT 0.5, BD 0.1, prot. Totales 6.4, alb 2.2 ALT 20, AST 21, FA 83, DHL 121, Glu 99, Urea 122, Cr 3.69 Na 126, K 5.6, Cl 101, Ca 8.1, P 3.4 TP 12, INR 1.09, TPT 44.8 Proca 1.17. De acuerdo a los hallazgos se decide manejo para neumonía con Ceftriaxona/Claritromicina y neumonía para P. jiroveci con Trimetropim/Sulfametoxazol, pendiente TAC y GeneXpert de esputo para descartar reinfección. Aumento en la creatinina se clasifica como LRA AKIN II con Cr previa de 1.97 él ya tiene abordaje de hiponatremia, no se deja reposición en agudo debido a ser asintomática.

Pronóstico: Reservado a evolución

Conclusión: Pendientes: TAC Tórax GeneXpert de esputo o aspirado gástrico, electrolitos urinarios

GeneXpert: MTB DETECTED LOW Rifampicine Resistance not detected

Kinyoun positiva

Tratamiento que instaurar:

Isoniacida, rifampicina, pirazinamida, etambutol

Tratamiento retroviral: ABC, AZT, 3TC, DTG

Epidemiología

TB ha estado con nosotros por mucho tiempo.

Probablemente desde que los humanos modernos emigraron fuera de África.

La evidencia preliminar indica una alta frecuencia de enfermedad que se remonta a 7 000 años.

Mientras que la carga de la tuberculosis disminuye desde entonces en relación con las mejoras en las condiciones de vida, ha habido períodos de empeoramiento significativo. Por ejemplo, durante la Revolución industrial en el siglo XVIII en Europa occidental o a fines del siglo XIX en Japón. Además, durante las dos guerras mundiales

Hace dos décadas, se ha observado un resurgimiento de la TB en los países más afectados por la pandemia del VIH.

A lo largo de todo el siglo, la incidencia de TB ha tenido la tendencia a la disminución desde el uso de quimioterapia.

Los bacilos de la TB se transmiten esencialmente a través del aire a través de un contacto con una persona afectada por la TB pulmonar.

En la mayoría de las personas que adquieren esta infección, los bacilos están contenidos en el sistema inmunológico.

Permanecen inactivos o pueden ser eliminados del cuerpo.

Una pequeña proporción de personas infectadas desarrollan la enfermedad después de una incubación que puede ser corta o muy larga, hasta varias décadas.

Las personas susceptibles que entran en contacto con alguien con tuberculosis pulmonar contraen una infección, pero no todas las personas infectadas desarrollan la enfermedad.

El riesgo de por vida es de aproximadamente 5 a 15%.

Actualmente se estima que aproximadamente 1 de cada 4 personas en el mundo están infectadas.

El riesgo relativo de TB en personas infectadas con VIH es de aproximadamente 20 a 35, lo que significa que las personas infectadas con VIH tienen un riesgo 20 a 35 veces mayor de desarrollar TB en comparación con las personas que no tienen VIH y que viven en los mismos lugares.

También hay otros factores asociados con un mayor riesgo de TB, como la desnutrición, la diabetes, particularmente la diabetes tipo II, que se está volviendo cada vez más frecuente a medida que nos enfrentamos a una pandemia de obesidad, abuso de alcohol, fumar cigarrillos y otros.

Otros factores de riesgo importantes incluyen la contaminación del aire, también el hacinamiento.

La tuberculosis ocurre con más frecuencia entre las personas pobres y el resultado de la enfermedad se ve afectado negativamente por su incapacidad financiera para acceder rápidamente a servicios de diagnóstico y atención de calidad.

Por último, la tuberculosis es notablemente más frecuente en hombres y en adultos.

A nivel mundial en el Global tuberculosis Report 2018 la OMS ha arrojado las incidencias generales de 133 enfermos por cada 100,000 habitantes y desglosa los datos en diferentes poblaciones diana como son los coinfectados con VIH y aquellos diagnósticos de tuberculosis multidrogoresistente/rifampicina-resistentes los cuales son casi el 6% del total de los casos presentados a nivel mundial.

El riesgo no es el mismo para todas las poblaciones, como ya se mencionó el riesgo de por vida de presentar la enfermedad de las personas con infección es de hasta el 15%, pero esa es una generalización, sin embargo, el riesgo de presentar la enfermedad activa es mayor en los casos de coinfección de VIH, pero no solamente eso, costumbres o situaciones más cotidianas conllevan un incremento en el riesgo como podemos observar que el fumar duplica el riesgo.

En el Global tuberculosis Report 2018 la OMS mediante números concretos nos dice que el diagnóstico de tuberculosis es más común en masculinos de todas las edades, pero que la mayor incidencia se da en los mayores de 14 años.

También se demuestra en las tablas que la mayoría de los casos detectados son de cuadros pulmonares y que son comunes en las coinfecciones de VIH-SIDA como el que se nos presenta en el caso clínico introductorio de este trabajo.

Es importante recalcar que la cobertura del tratamiento de la tuberculosis no es completa y que dentro de los rangos hay números tan bajos como son el 58%, lo cual representa un riesgo epidemiológico.

Si analizamos solamente los números presentados por la OMS de mortalidad e incidencia en pacientes coinfectados con VIH pudiese parecer erróneamente un cuadro de poca importancia, sin embargo, calculando el Case Fatality Ratio podremos entender que la población coinfectada con VIH presenta una mortalidad casi 3 veces mayor que la población general y esto la hace una población en riesgo y a la cual es importante atender

Situación epidemiológica nacional en la semana epidemiológica 7 del 2019. Los casos registrados durante esa semana fueron de casi 300 a nivel nacional y conteo acumulado de casos desde el 1 de enero de 1,792 con la particularidad de que, a diferencia de las estadísticas internacionales, en México los casos predominan en las femeninas con casi dos veces el número de casos que presentan los masculinos.

Jalisco tienen una incidencia por sexos similar a las reportadas por las bibliografías internacionales

Metas estratégicas de incidencia y mortalidad a nivel mundial del plan de la OMS para terminar con la tuberculosis parte de la declaración de Moscú para erradicar la tuberculosis.

Escenario clínico:

El pulmón es el órgano más afectado, entre el 79-87% de los casos de tuberculosis corresponde a un cuadro pulmonar.

El primer contacto con el microorganismo no genera síntomas o signos hasta que se desarrolla la hipersensibilidad a la tuberculina dentro de las 4 a 6 semanas posteriores al contacto, a este tiempo es factible observar fiebre, malestar general y algún síntoma de hipersensibilidad.

En la mayoría de los casos, no se observan datos que evidencien la tuberculosis y el proceso es contenido por los mecanismos de defensa local y sistémicos.

Como el foco pulmonar primario suele ser subpleural, puede producirse una ruptura en el espacio pleural, con el desarrollo de una pleuresía tuberculosa con derrame. Esto suele ir acompañado de los síntomas clásicos pero inespecíficos de la pleuresía. La diseminación local a los ganglios linfáticos hiliares es una ocurrencia común, y desde allí la enfermedad se propaga a otras áreas del cuerpo. Es esta diseminación hematógena del organismo la que produce focos pulmonares y extrapulmonares responsables de las principales manifestaciones clínicas de la tuberculosis. Radiográficamente, la diseminación se manifiesta por el agrandamiento de los ganglios linfáticos, con una calcificación posterior tanto de los ganglios linfáticos como de la lesión parenquimatosa. Este es el complejo clásico de Ghon y sugiere no solo una infección tuberculosa antigua sino también enfermedades como la histoplasmosis. La tuberculosis progresiva (reactivación) generalmente se desarrolla después de un período de latencia y surge de los sitios de diseminación hematógena.

La tuberculosis pulmonar frecuentemente se desarrolla lentamente, sin una fecha de inicio definida. La enfermedad tiene un amplio espectro de manifestaciones que van desde la positividad de la piel con rayos X negativos hasta la tuberculosis muy avanzada. Por lo general, hasta que la enfermedad esté moderada o muy avanzada, como lo demuestran los cambios en la radiografía, los síntomas son mínimos y, a menudo, pueden atribuirse a otras causas, como fumar en exceso, trabajar arduamente, embarazarse u otras afecciones. Los síntomas se pueden dividir en dos categorías, constitucional y pulmonar. La frecuencia de estos síntomas varía según si el paciente tiene tuberculosis primaria o tuberculosis de reactivación. Los sujetos con tuberculosis primaria son mucho más propensos a ser asintomáticos o mínimamente sintomáticos

Situaciones que aumentan la susceptibilidad a la tuberculosis y los síntomas más comunes

Una anemia normocítica normocrómica leve puede estar presente en la tuberculosis crónica. El recuento de glóbulos blancos suele ser normal, y los recuentos de más de 20,000 / μl sugerirían otro proceso infeccioso; sin embargo, una reacción leucemoide puede ocurrir ocasionalmente en la tuberculosis miliar, pero no en la tuberculosis confinada al tórax. Si bien puede ocurrir un "cambio a la izquierda" en el recuento diferencial de glóbulos blancos en la enfermedad avanzada, estos cambios no son específicos ni útiles. Otras pruebas no específicas que pueden ser

elevadas en la tuberculosis activa incluyen la tasa de sedimentación, las globobulinas α2 y la globulina gamma. El hallazgo de piuria sin bacterias por tinción de Gram sugiere una afectación renal. Las enzimas hepáticas (transaminasas y fosfatasa alcalina) pueden elevarse ocasionalmente antes del tratamiento. Sin embargo, este hallazgo generalmente se debe a una enfermedad hepática concomitante secundaria a otros problemas, como el alcoholismo, en lugar de a la participación tuberculosa. Dado que los fármacos utilizados en el tratamiento de la tuberculosis a menudo se asocian con hepatotoxicidad, es importante cuantificar cualquier anomalía hepática antes del tratamiento. En raras ocasiones, el sodio sérico puede estar deprimido debido a la secreción inadecuada de hormona antidiurética. Esto ocurre solo en la tuberculosis pulmonar avanzada. Una reacción de hipersensibilidad retardada positiva a la tuberculina o al ensayo de liberación de interferón gamma indica solo la aparición de una infección primaria previa.

La radiografía de tórax es el estudio más útil para sugerir el diagnóstico de tuberculosis. La aparición de la radiografía difiere en tuberculosis primaria y reactivación.

A diferencia de la reactivación de la tuberculosis, que generalmente involucra los segmentos superior y dorsal, en la tuberculosis primaria, la afectación parenquimatosa puede ocurrir en cualquier segmento del pulmón. En la infección primaria solo hay una ligera predilección por los lóbulos superiores; Además, pueden afectarse tanto los segmentos anteriores como los posteriores. La consolidación del espacio aéreo aparece como una densidad homogénea con bordes mal definidos y la cavitación es rara, excepto en pacientes desnutridos u otros pacientes inmunocomprometidos. La afectación miliar al inicio se observa en menos del 3% de los casos; Es más frecuente en niños menores de 2 a 3 años de edad, pero también se puede ver en adultos.

La atelectasia con neumonía obstructiva puede resultar de la compresión bronquial por los ganglios linfáticos inflamados o de un ganglio linfático caseoso que se rompe en un bronquio. El "enfisema" obstructivo o un segmento hiperinflado localizado a veces precede a la atelectasia. Los segmentos más comunes involucrados son el segmento anterior del lóbulo superior derecho y el segmento medial del lóbulo medio derecho. El colapso del lado derecho es dos veces más común que el colapso del lado izquierdo. Los cambios bronquiectáticos residuales pueden persistir después de que la obstrucción haya desaparecido. Un derrame pleural aislado de grado leve a moderado puede ser la única manifestación de tuberculosis primaria. Sin embargo, la apariencia radiográfica más común de la tuberculosis primaria es una radiografía normal.

Las tomografías computarizadas (TC) permiten a los médicos examinar tanto el parénquima pulmonar como los ganglios linfáticos con mayor detalle de lo que se puede hacer con la radiografía simple de tórax sola. La TC de tórax para pacientes con tuberculosis primaria generalmente muestra una consolidación lobar en asociación con adenopatía mediastínica o hiliar. Si bien el agrandamiento de los ganglios linfáticos es muy común en niños (95%) con tuberculosis primaria, el agrandamiento de los ganglios linfáticos en la tuberculosis primaria en adultos se observa con menos frecuencia (43%). La consolidación generalmente está bien definida, es densa, homogénea y se limita a un segmento o lóbulo. La afectación del lóbulo medio e inferior es muy común. Las cavidades pequeñas pueden apreciarse en la TC que no se observaron en la radiografía simple de tórax. En la reactivación de la tuberculosis, los segmentos apical y posterior del lóbulo superior y el segmento superior del lóbulo inferior son los más comúnmente involucrados. La cavitación se observa en más del 50% de los casos. La cavitación puede ser múltiple y, por lo general, implica una pared gruesa sin un nivel de fluido de aire. La cavitación suele estar asociada con la propagación broncogénica de la enfermedad. Esto se ve radiográficamente como nódulos múltiples de 5 a 10 mm mal definidos que usualmente involucran la zona pulmonar dependiente. En secciones delgadas se pueden observar nódulos centrilobulares o estructuras lineales ramificadas ("árbol en brote") con o sin engrosamiento de la pared bronquial. Existe controversia sobre si las tomografías computarizadas pueden distinguir de manera confiable la tuberculosis activa de la infección latente, y varios autores argumentan que los hallazgos como el árbol en la yema y / o las áreas de los nódulos centrilobulares predicen la enfermedad activa

Han surgido varias diferencias importantes sobre la presentación clínica de sujetos con tuberculosis con y sin infección por VIH. Como se mencionó anteriormente, los pacientes con infección por VIH tienen más probabilidades de presentar una enfermedad diseminada. Además, tienden a tener una mayor cantidad y severidad de los síntomas y tienen una progresión más rápida a la muerte a menos que se inicie el tratamiento. Hallazgos radiológicos de la tuberculosis en el contexto.

de la infección por VIH se ha encontrado que se correlaciona con la

Grado de inmunosupresión debido al propio VIH. Los recuentos de CD4 más bajos (es decir,> 200 / mm3) se asocian más a menudo con las linfadenopatías hiliares y mediastínicas, mientras que los recuentos de CD4 más altos se asocian con mayor frecuencia con la cavitación. Además, algunos estudios han sugerido que los sujetos infectados por el VIH son más propensos a tener infiltrados no apáticos, derrames pleurales e infiltrados miliares.

En pacientes con infección por VIH pero con recuentos de CD4.

superior a 300, la prueba cutánea de tuberculina será positiva en 50 a 80% de las personas con tuberculosis activa. Una vez que una persona ha desarrollado SIDA, la prueba cutánea de tuberculina tendrá menos probabilidades de ser positiva, pero la reactividad se puede ver en hasta un 30 a 50% de los pacientes. Mientras que, en áreas de baja prevalencia de tuberculosis, una prueba cutánea de tuberculosis positiva puede ayudar al diagnóstico de enfermedad activa en personas con síntomas, las pruebas cutáneas de tuberculosis y los ensayos de liberación de interferón gamma son modalidades de prueba para la tuberculosis latente. Estas pruebas son frecuentemente negativas en el contexto de la enfermedad de tuberculosis activa, incluso en ausencia de una enfermedad inmunosupresora crónica, y tienen un papel mínimo en la evaluación de la tuberculosis activa. La prueba cutánea de tuberculina y los ensayos de liberación de interferón gamma no deben utilizarse para hacer o excluir un diagnóstico de infección activa de M. tuberculosis en ninguna población de pacientes.

Métodos moleculares de diagnóstico en tuberculosis

Hay una serie de establecidos y bien caracterizados mecanismos de resistencia a los fármacos dentro del genoma de la Mycobacterium tuberculosis, que surgen principalmente a través de mutaciones puntuales en los genes que codifican la proteína diana del fármaco, o proteínas necesarias para la activación del fármaco. La resistencia a la rifampicina comúnmente surge a través de mutaciones en una región de 81 pares de bases en el gen rpoB conocida como la región determinante de la resistencia a la rifampicina (RRDR), el objetivo del ensayo Xpert MTP / Rif

El gen rpoB codifica la subunidad b de la ARN polimerasa que es el objetivo de la rifampicina. Las mutaciones en esta región representan aproximadamente el 96% de la resistencia fenotípica a la rifampicina y como más del 90% de las cepas resistentes a la rifampicina también son resistentes a la isoniacida, la resistencia a la rifampicina se utiliza como un marcador sustituto para la TB-MDR.

La resistencia a la isoniacida surge a través de mutaciones en los genes que codifican la peroxidasa de catalasa (katG) (que previene la activación de la isoniacida que produce una resistencia de alto nivel) o mutaciones en inhA, el objetivo de la forma activada de la isoniacida (resistencia de bajo nivel). La mayoría de la resistencia a la pirazinamida se confiere a través de la prevención de la activación del fármaco a través de un conjunto diverso de mutaciones en el gen pncA y la resistencia al etambutol a través de la sobreexpresión de la proteína diana (Emb) o mutaciones en el gen embB en la mayoría de las cepas resistentes.

La mayoría de los resultados de resistencia a las fluoroquinolonas a través de mutaciones en las subunidades A y B de la girasa de ADN (topoisomerasa II), la proteína objetivo de las fluoroquinolonas, y la resistencia a la segunda línea de los agentes inyectables amikacina y kanamicina, resultan de mutaciones de subunidad del ribosoma 16s.

Los métodos moleculares con los que contamos para el diagnóstico de la tuberculosis mediante la detección de su ADN, lo cual permite conocer si existe resistencia a algún fármaco, se dividen en dos principales tipos:

Pruebas basadas en sondas sin secuenciación

Ensayos moleculares basados en secuencias

Las pruebas basadas en sondas pueden detectar una mutación genética presente, pero no proporcionan información acerca de la mutación en específico, esto tiene relevancia clínica debido a que no todas las mutaciones confieren realmente la resistencia al fármaco en el cultivo.

Los ensayos basados en secuencias proporcionan información sobre la naturaleza de la mutación y, por lo tanto, se podría predecir la resistencia del fármaco, por lo tanto, se utilizan como confirmación de resultado sugestivos obtenidos por ensayos por sondas; aunque cabe recalcar que el método del cultivo en medio sólido de agar es el estándar de oro y es con el que se confirma la resistencia bacteriana.

Las pruebas basadas en sondas como las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos se basan en la identificación de una secuencia de ácidos nucleicos mediante sondas y su consiguiente amplificación, algunas de estas pruebas pueden demostrar la presencia de mutaciones relacionadas a susceptibilidad a fármacos.

Las pruebas de amplificación de ácidos nucleicos se utilizan para el diagnóstico rápido (entre 24 y 48 horas) en pacientes de alta sospecha, FDA ha aprobado dos pruebas el MTD (Mycobacterium Tuberculosis Direct Test) la cual tiene un valor predictivo positivo de 98% y un valor predictivo negativo del 94% según diversos estudios realizados en los Estados Unidos y una sensibilidad del 95% con una especificidad del 100%; la otra prueba es la MTB/RIF Xpert

Los estudios de amplificación de ácidos nucleicos son más sensibles que el frotis, pero inferiores a los cultivos, cabe destacar que la sensibilidad y la especificidad de las técnicas de amplificación de ácidos nucleicos disminuyen cuando previamente se tiene un esputo negativo. Sin embargo, la amplificación de ácidos nucleicos no reemplaza los roles de frotis y cultivos en el algoritmo de diagnóstico para tuberculosis pulmonar; el cultivo es necesario para la confirmación de la identificación y para las pruebas de sensibilidad a los medicamentos. Un resultado positivo de amplificación de ácidos nucleicos apoya el diagnóstico de TB en las circunstancias clínicas y epidemiológicas apropiadas; la positividad en frotis junto con una prueba de amplificación de ácidos nucleicos positiva se considera suficiente para el diagnóstico de tuberculosis pulmonar.

Un estudio de amplificación de ácidos nucleicos negativo no excluye el diagnóstico de tuberculosis activa o resistencia a un fármaco.

Los resultados de la amplificación de ácidos nucleicos siempre se deben de interpretar con los frotis mientras se consigue el resultado de los cultivos debido a la posibilidad de contaminación y error, además de que la prueba de amplificación ácidos nucleicos no distingue de DNA de micobacterias vivas de DNA de micobacterias muertas, es por ello que la prueba puede mantenerse positiva pese a la terapia antimicobacteriana adecuada, es por esto que la prueba de amplificación de ácidos nucleicos es útil sólo como una prueba diagnóstica inicial y no para valorar el tratamiento.

La selección de este tipo de pruebas de diagnóstico se debe hacer de manera consciente guiándose de la disponibilidad, los datos epidemiológicos locales de resistencia a fármacos, los datos de la historia clínica que nos orienten a la presencia de la resistencia o al riesgo de esta incluyendo la susceptibilidad al fármaco por regímenes de tratamiento previos.

Para la evaluación de resistencia a la rifampicina se puede utilizar la prueba Xpert MTB/RIF o MTBDR plus, la resistencia a la isoniazida también puede ser evaluada por la última y la resistencia a las quinolonas puede evaluarse por medio de la MTBDRsl. La OMS aprobó el ensayo Xpert MTB / RIF y el ensayo de sonda de línea MTBDRplus para el diagnóstico de tuberculosis pulmonar y extrapulmonar en 2011, cabe destacar que el uso de MTB/RIF sólo está aprobado para el diagnóstico siempre y cuando el paciente tenga menos de 3 días de terapia.

El ensayo Xpert MTB/RIF utiliza el gen rpoB que da origen a la subunidad beta de la RNA polimerasa bacteriana cuya mutación confiere resistencia la rifamicina y la rifampicina, es viable su uso en entornos de alta incidencia y recursos limitados ya que puede reducir el tiempo de diagnóstico debido a que los resultados pueden estar en dos horas, pudiendo comenzar la terapia antimicobacteriana de manera temprana, el ensayo es fácil de realizar sin un entrenamiento muy avanzado, no suele contaminarse la muestra, pero requiere instalaciones de bioseguridad adecuado, aunque mínimas. El esputo debe ser de calidad con los criterios habituales de laboratorio.

El ensayo Xpert MTB / RIF se puede usar para estimar la carga de la infección a través del valor de umbral del ciclo (número de ciclos de reacción requeridos para obtener un resultado positivo); el valor de umbral del ciclo se correlaciona inversamente con la carga de infección.

El ensayo Xpert MTB / RIF para la resistencia a la rifampicina puede ser poco confiable en regiones donde las cepas circulantes contienen una mutación fuera de la región de mutaciones de resistencia a la rifampicina detectadas por el ensayo.

El MTBDRplus es un ensayo de sonda de línea molecular capaz de detectar mutaciones de resistencia a la ismaestida y rifampicina (gen rpoB para la resistencia a la rifampicina; genes katG e inhA para resistencia a la isoniazida). Este ensayo no tiene la aprobación de la FDA, sin embargo, en una evaluación de 536 muestras de frotis positivo de pacientes con riesgo de tuberculosis multirresistente en Sudáfrica, MTBDRplus fue ≥99 por ciento sensible y específico para la resistencia a la tuberculosis multidrogas. Dado que el ensayo no depende del cultivo, dio resultados incluso en muestras que estaban contaminadas o que no tuvieron crecimiento. Las pruebas moleculares tuvieron éxito incluso cuando el frotis era negativo.

El MTBDRsI es un ensayo molecular que utiliza una sonda capaz de detectar resistencia a las quinolonas y agentes de segunda línea en la terapia antituberculosa mediante los genes gyrA y rrs, sin embargo, no tiene la aprobación de la FDA.

Procedimiento del ensayo MTB/RIF

Conclusiones:

Las técnicas moleculares pueden acelerar el diagnóstico de la tuberculosis pulmonar, teniendo la función tanto en la confirmación del diagnóstico si no también acerca de la presencia de genes de resistencia bacteriana lo cual es muy importante en el contexto de la coinfección de tuberculosis con VIH-SIDA debido a como se ha presentado en la monografía, el riesgo anual se acumula en las personas que padecen el VIH, siendo mayor el riesgo de la infección así como una tasa de mortalidad mayor y alarmante en esta población, por lo que el diagnóstico preciso y contundente es vital así como dar el mejor tratamiento posible, con una eficiencia que permita al paciente la cura lo más pronto posible.

El enfoque con este paciente me parece adecuado, el uso del Gene Xpert como método diagnóstico es preciso y rápido, muy útil debido a que no es la primera vez en el que el paciente tiene un cuadro de tuberculosis pulmonar y la posibilidad la adquisición de la infección por una micobacteria resistente a los tratamientos de primera línea es muy posible, además de permitirnos una contención médica adecuada para evitar el contagio entre los pacientes de la Unidad de VIH.

Las técnicas moleculares son útiles y efectivas, sin embargo los estudios microbiológicos más clásicos siguen siendo el estándar de oro, así que el seguimiento mediante tinciones de Ziehl Neelsen, la confirmación de la sensibilidad a los fármacos mediante los cultivos especiales para micobacterias deben seguirse realizando y no solamente ser vistas como pruebas obsoletas a punto de ser sustituidas, ya que pese a la fuerte precisión de las pruebas moleculares, el comportamiento y expresión fenotípica de las bacterias son las que ayudan a predecir su efecto in vivo.

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